Macierz kowariancji i korelacji

W zależności od tego, czy zmienne na których dokonujemy analizy składowych głównych  są zmiennymi reprezentującymi porównywalne wielkości (np. dobowe wydobycie ton węgla różnych kopalni) tworzymy macierz kowariancji. Natomiast w przypadku  wartości zmiennych nieporównywalnych ze sobą (np. mające różne jednostki) tworzymy macierz korelacji. Następne kroki analizy składowych głównych są w zasadzie takie same niezależnie od tego czy wychodzimy od macierzy kowariancji, czy korelacji.